毛囊炎在治疗方面主要就是抗菌、消炎治疗。如果毛囊炎的症状比较轻、皮损比较少，那么可以主要采取外用药物治疗，比如外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、多粘菌素B软膏等。如果皮损比较多、症状比较严重的，可以及时的加用口服的抗菌素，包括青霉素类、头孢类，还有大环内酯类、喹诺酮类的抗菌素，都是对毛囊炎治疗有效的。还有一类比较常见的毛囊炎是由真菌感染引起的，比如糠秕马拉色菌引起的马拉色菌毛囊炎，或者称糠秕孢子菌毛囊炎。对这种毛囊炎，就要使用抗真菌的药物来进行治疗，比如外用的酮康唑乳膏、联苯苄唑乳膏等，内服药方面可以选择伊曲康唑进行治疗。

毛囊炎有很多种类，其中最常见的是金黄色葡萄球菌感染，引起的细菌性的毛囊炎。