直肠检查除了肠镜还有很多检查方式，包括最常用的肛门指诊，以及肛门视诊、肛门镜检查、钡剂灌肠造影等，诸多实验室检查如（如CEA、CA199、血常规等），影像学检查，如腹部CT平扫、腹部MRI、PET-CT、腹部彩超等。但其他检查通常只能起到辅助诊断的作用，肠镜或肛门镜检查及镜下取组织活检进行病理检查为疾病性质诊断的“金标准”。

直肠相关的检查主要是为了检查是否有痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、直肠息肉、直肠炎症性病变、直肠恶性肿瘤等。对于痔疮，行肛门指诊、肛门视诊及肛门镜检查结合患者病情症状及病史即可诊断；对于肛裂，通常不行肛门指诊，行肛门视诊、肛门镜、肠镜检查即可诊断；对于肛瘘，行肛门指诊、肛门视诊及肛门镜检查结合超声检查或MRI检查能够诊断疾病并了解瘘管大致位置及结构；对于肛周脓肿和直肠炎症，可行实验室检查（如白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原等）、腹部CT平扫、腹部彩超、腹部MRI检查、肠镜检查等可以明确诊断；而直肠息肉、直肠恶性肿瘤等，需行肛门指诊、腹部彩超、腹部CT检查，肠镜或肛门镜及镜下组织切除病理活检来明确诊断。