炎症性肠病是一种多病因引起的异常免疫介导的肠道慢性及复发性炎症，有终生复发倾向。溃疡性结肠炎和克罗恩病是其主要疾病类型，由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所致。饮食、吸烟、卫生条件、生活方式，或暴露于某些不明因素都是可能的环境因素。

炎症性肠病具有遗传倾向，患者一级亲属发病率显著高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加。研究发现，多种微生物参与炎症性肠病的发生与发展。炎症性肠病是针对自身正常肠道菌群的异常免疫反应性疾病，持续的天然免疫反应及Th1细胞异常激活等释放出各种炎症介质及免疫调节因子，参与肠粘膜屏障的免疫损伤。

炎症性肠病的发病机制可概括为：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动难以停止的发作与缓解交替的肠道天然免疫及获得性免疫反应，导致肠粘膜屏障损伤，溃疡经久不愈，炎性增生等病理改变。