肠胃不舒服一般不会直接引起头疼（即头痛），可能是肠胃不舒服诱发紧张性头痛和偏头痛，或者是存在病毒感染导致的头疼，与肠胃不舒服无直接关系关，具体如下：

1、 紧张性头痛：在患者肠胃不舒服的情况下，往往会有持续性的腹痛，极易使患者出现紧张、烦躁甚至是焦虑的情绪，若是患者长时间处于负面情绪之中，往往会在不经意间存在有头部与颈部肌肉的持久性收缩。与此同时，患者在应激状态下交感神经会出现持续性的兴奋，因此患者会诱发头痛的现象。

2、 偏头痛：病因尚不明确，可能与遗传、内分泌代谢、环境因素、精神因素有关。同时与患者生活中的油腻饮食也存在一定关系。若患者肠胃不舒服是因饮食因素（如进食过多含亚硝酸盐的肉类、腌制食品等）引起的，可诱发偏头痛。

3、 病毒感染：病毒感染是导致患者胃肠不舒服的常见原因之一，当患者被病毒感染后，不仅出现消化道不适，还会出现全身症状，如全身乏力、肌肉酸疼以及头痛等不适症状。所以患者会同时出现肠胃不舒服和头疼的症状，误以为是肠胃不舒服引起的头痛。