婴儿心肌病的发生和多种因素密切相关，原发性心肌病的病因不明确，大多数是由于先天性遗传因素造成的，继发性心肌病的病因主要和感染、代谢、缺血、内分泌疾病以及过敏等密切相关。

感染性因素方面常见于，病毒、细菌、原虫等感染，病毒或者细菌直接侵犯婴儿心肌，或者毒素对心肌造成影响，从而导致心肌病的发生。代谢性因素方面，如果婴儿有糖尿病，就容易造成心肌病的发生。缺血性因素方面，婴儿在母体内缺氧缺血，造成心肌缺血性的改变，容易引起心肌病的发生。内分泌因素方面，如果婴儿有甲状腺功能亢进或者是甲状腺功能减退，易导致心肌病的发生。过敏性因素方面，如婴儿使用药物导致心肌病发生，如磺胺药、青霉素等。结缔组织病因素方面，一般是由于系统性红斑狼疮造成的心肌损害。中毒性因素方面如伤寒、白喉等细菌毒素侵入心肌，容易导致心肌病的发生。