大多数儿童心肌炎是没有后遗症的，部分的儿童有后遗症。

病毒感染侵袭到人体的心肌细胞，如果心肌细胞破坏不严重，并且早期给予心肌炎积极的治疗，通过营养心肌治疗，很多时候当病毒自限后，心肌炎就会完全恢复，不留有后遗症。部分患儿由于早期没有对患儿进行积极的治疗，或者没有意识到他患有心肌炎，或者心肌细胞持续受到严重的损伤，患儿就出现了心脏机构及功能受损，引起严重的心力衰竭、心律失常等。有的病情迁延可发展为扩张型心肌病，心脏传导系统，特别是房室传导系统出现了阻滞无法恢复，像III度房室传导阻滞，就会出现后遗症，则需要安装永久起搏器。