如单纯服用奥美拉唑，停药后2周才可以检查幽门螺旋杆菌，如是在四联疗法中使用奥美拉唑，则需停药1个月后才可检查。幽门螺杆菌感染目前是引起慢性胃炎、消化性溃疡等主要原因，目前主要是通过碳-13或碳-14呼气试验检查确定，这个检查受药物特别是抗生素、铋剂、质子泵抑制剂等影响较大。

目前根除治疗是标准的四联疗法，即一种质子泵抑制剂、一种铋剂加两种抗生素，如阿莫西林和克拉霉素有关。一般疗程14天，然后停药1月后复查呼气试验。如果仅仅单纯服用质子泵抑制剂，如奥美拉唑，考虑奥美拉唑对幽门螺杆菌有抑制作用，影响检测，一般在至少停药2周后才能复查呼气试验，了解幽门螺杆菌是否存在。