肠道菌群失调多数以腹泻为症状，可以表现为排便次数增多或者排水样变，一般不会出现脓血便。有的患者肠道菌群失调也可以出现大便干结，便秘的症状。

患者可以口服益生菌，如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸菌等治疗，通过改善肠道菌群失调，缓解症状。如果肠道菌群失调，还会使排出的大便特别的臭，腐臭味特别的重，因为胃肠道菌群失调时，肠道中的益生菌减少，有害菌增多，有害菌分解食物残渣，产生较多有臭味的物质，可使大便特别的臭。