新生儿溶血症如果及时发现，进行正确的治疗，没有出现严重的黄疸，治疗后基本没有太大的后遗症。但可能会发生贫血，可以进行后续纠正，一般没有太大的影响。但要防止严重贫血的发生，严重的贫血会导致各个脏器都造成相应的损伤，会有肝脾肿大。

如果新生儿溶血症没有及时的治疗，就会留下比较严重的后遗症，比如高胆红素，游离胆红素过高，会进入到血脑屏障中，对脑神经会进行破坏。严重的胆红素脑病会影响到听觉，造成听觉障碍，还会引起脑瘫、智力发育的异常。