肠功能紊乱的治疗，主要是积极寻找并去除触发因素和对症治疗，强调综合治疗和个体化治疗的原则。患者要建立良好的生活习惯，饮食上避免诱发症状的食物。抗胆碱能药物，可作为症状重的腹痛的短期对症治疗，钙通道阻滞剂，如匹维溴铵对腹痛、腹泻有一定的疗效。有腹泻症状的患者选择蒙脱石散、药用炭等止泻治疗。如果便秘患者可以使用半纤维素或亲水胶体等促肠道蠕动，缓解便秘症状。严重者可以使用抗抑郁药物。

肠道功能紊乱又称肠易激综合征，指的是一组包括腹痛、腹胀、排便习惯改变和大便性状异常、粘液便等表现的临床综合征，持续存在或反复发作，经检查排除可以引起这些症状的器质性疾病，是最常见的一种功能性肠道疾病。主要有胃肠动力学异常和内脏感觉异常，精神、饮食等因素常可使症状复发或加重。