慢性血源性骨髓炎的病因，大多数是因急性骨髓炎治疗不当或不及时，病情发展的结果，如急性骨髓炎的致病菌毒力较低或病人抵抗力较强，也可能发病时即为亚急性或慢性，并无明显急性期症状。

在20世纪60年代到70年代，由急性血源性骨髓炎演变成慢性者，约占慢性骨髓炎的三分之一。近年来急性血源性骨髓炎在早期多能得到及时有效治疗，使慢性骨髓炎的发病率明显降低。另一方面，骨的贯通性火器伤和开放性骨折后发生的骨髓炎，金属物植入骨内，如人工关节置换术等引起的骨内感染，则较以前多见。其他诱因有糖尿病、服用激素、免疫缺陷及营养不良等。