胃镜活检用于诊断慢性萎缩性胃炎和胃肿瘤。如果胃镜检查发现胃息肉、胃癌、胃淋巴瘤的可能或者是有早期癌变的改变以及是有萎缩性胃炎的可能，就要取病理活检，在显微镜下面观察。

病理学检查是胃癌、胃淋巴瘤诊断的金标准。胃镜活检也可以检查幽门螺杆菌。如果活检显示是慢性萎缩性胃炎，就要口服一些中成药，如胃复春或者是富含硒元素的药物进行干预治疗。因为萎缩性胃炎是一种癌前病变，如果确诊胃癌就需要手术治疗，对于不能手术的晚期胃癌病人需要做化疗。