腹主动脉瘤支架术后主要的并发症常见于：第一、内瘘；第二、肾动脉闭塞；第三、腹主动脉瘤腔内隔绝术后综合征和缺血性肠炎等。

内瘘主要是因为使用的支架与瘤体本身不能完全的密合，导致血液仍可能通过未密合区域进入瘤腔内，使腹主动脉瘤继续增大，分为不同的部位和情况，部分人会逐渐减轻，在动脉瘤形成血栓而痊愈。有些人需要在瘤体内继续放置弹簧圈的方法，以减轻内瘘。如果出现肾动脉闭塞以及出现缺血性肠炎，可能是放置物导致全身的炎性反应，称为腹主动脉瘤腔内隔绝术后的综合征。