直肠息肉手术的费用，主要根据所采取治疗的方式而有不同：

一、直肠息肉的电切术或套闸术。直肠息肉较小时，仅需于门诊行肠镜下的息肉电切术和套闸术，此费用一般较低，一千到一千五百元左右即可。二、直肠息肉的ESD术或EMR术。息肉体积较大或其基底较宽时，则需入院后完善各项术前检查，再行内镜下的ESD术或EMR术予以治疗，此时的费用一般为一万到两万元之间。三、如息肉较大，且其经活检病理学检查证实为恶性的，则需行直肠癌的根治术。因此，其费用相对较高，一般为三万到五万元左右。