肠易激综合征的治疗主要分为解痉、止泻、便秘、肠道菌群失调以及心理调节五种药物进行治疗。解痉剂可以用于所有类型肠易激综合征患者的普通治疗，如屈他维林、匹维溴铵等。对于以腹泻为主要表现的肠道易激综合征，可以使用蒙脱石散、洛哌丁胺等。对于便秘型的肠易激综合征，可使用导泻药物。常用的肠道益生菌，如京常乐等调节肠道菌群。

当患者经过常规的肠易激综合征的治疗之后，仍然是还伴有一些焦虑、抑郁的情绪，可以使用调节心理的一些药物进行治疗。