骨囊肿与骨肿瘤的区别非常大，但有一定的联系。

骨肿瘤指发生在骨组织的肿瘤，包括良性肿瘤、恶性肿瘤以及中间性质的肿瘤，都属于骨肿瘤。骨囊肿只是骨肿瘤众多分类中非常少的一种分类。骨囊肿是良性肿瘤，经过治疗后能恢复正常状态，但是骨肿瘤就不一定，由于骨肿瘤的性质和分类相当复杂，所以其预后也千差万别。

总之，骨囊肿是一个明确的骨骼病变，而骨肿瘤是发生于骨骼的所有肿瘤的总称。骨肿瘤包含有骨囊肿这类疾病，也包含有骨的良性肿瘤及恶性肿瘤，骨囊肿是一种特殊类型的骨肿瘤。