子宫内膜异位症的病因尚不明确，大多考虑因经血逆流导致的，因此只能从避免经血逆流来预防子宫内膜异位症。首先，在月经期避免剧烈运动，避免经期同房，避免宫腔操作等。其次，如果是子宫有畸形、子宫过度倾屈的患者或宫颈粘连、宫颈狭窄的患者，必要的时候要予以矫正。此外，避免摄入有雌激素成分的食物和药物。

在绝经期女性如果有子宫内膜异位症的病史，围绝经期进行激素替代治疗的时候，雌激素的使用也是要谨慎的，要严格的掌握适应症。