前列腺脓肿的病因，是病原微生物在前列腺内部定植、感染形成的脓肿。感染途径往往是逆行通过尿道进入射精管，再进入前列腺内部形成感染，约占百分之九十五左右。另外，约有百分之五左右是通过邻近器官的侵犯、淋巴管的侵犯以及血液的传播，定植到前列腺，形成的感染。细菌可以先引起急性的前列腺炎，在没有完全得到控制以后，就在局部进一步恶变，形成相应的感染、脓肿灶。

常见的病原体是革兰氏阳性的球菌，包括金黄色葡萄球菌，还有粪肠球菌、屎肠球菌。少数是革兰氏阴性杆菌，例如大肠埃希菌、变形杆菌等。