颞下颌关节紊乱疾病的病因复杂，有牙合因素、精神心理因素、创伤因素、自身免疫因素、解剖因素等。

牙合因素最初是指缺牙后，颌间垂直距离降低，前牙咬合闭锁，下颌过度闭合，进而导致颞下颌关节紊乱疾病，而后发展为牙合-神经肌群反馈论；精神心理因素是指由于人们精神压力、精神紧张、疲劳等精神心理因素，引起咀嚼肌痉挛和功能紊乱，从而导致颞下颌关节紊乱疾病；创伤因素是指由于外伤或颞下颌关节功能过度造成的劳损或牙合异常，对颞下颌关节造成了微小创伤，引起颞下颌关节紊乱疾病发作；自身免疫因素是指颞下颌关节软骨表面基质由于创伤、感染等原因被破坏后，软骨成分暴露，引起免疫反应，从而引起本病发作；解剖因素认为颞下颌关节紊乱疾病是由颞下颌关节本身结构所决定的。