脸上长了黑色的软疙瘩，可能是毛周角化病、扁平疣、黑色素痣等原因引起的，应该根据不同的病因采取不同的治疗措施。

1、毛周角化病：又称毛发苔藓或毛发角化病，是一种慢性毛囊角化性皮肤病，有一定遗传倾向，可发生于面颊部。皮损为针尖至粟粒大小的毛囊性丘疹，皮损顶端可有淡褐色角质栓，即表现为面部长有黑疙瘩，本病一般不需要治疗。症状明显或患者有治疗要求，可涂抹一些外用药物，如维A酸乳膏、尿素软膏、水杨酸软膏等，可以软化角质，改善症状。也可口服维生素A、维生素E，以及小剂量维A酸等改善症状。

2、扁平疣：是由人乳头瘤病毒感染皮肤所致，是疣的一种，多发生在面部、手背及前臂等部位，往往表现为数目较多的顶部扁平的小丘疹，米粒至黄豆大小，呈圆形或椭圆形，表面光滑，颜色不定，呈淡褐色、黑色或是和正常皮肤颜色基本相同。治疗主要应在医生指导下采用水杨酸软膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等外用药物治疗，或冷冻、激光等治疗。

3、黑色素痣：狭义上为黑色素细胞的良性增生，后天性色素痣基本损害一般为直径小于6mm的斑疹或丘疹，界限清楚，边缘规则，色泽均匀，可呈棕色、褐色、黑色等多种颜色。黑色素痣长在脸上可表现为黑色的软疙瘩。大多数色素痣一般不需要治疗，但是如果影响容貌及心理健康，可以选择治疗。应在医生指导下进行黑色素痣切除术、二氧化碳激光治疗等方式。