畸胎瘤手术对卵巢是否有伤害，不能一概而论，需要根据具体的手术方式来判断。

在行手术以前，一般医生都会与病人及其家属进行术前沟通，明确可能存在什么伤害，医生也会严格按照解剖结构来进行仔细的操作。如果是经腹腔镜下卵巢畸胎瘤剥除术，一般对卵巢有一些伤害，因为剥离畸胎瘤时会带走一些卵泡。但是畸胎瘤分为良性和恶性，恶性一旦发展，可能会造成严重的后果，所以如果发现畸胎瘤直径大于四厘米或短期内生长迅速，应尽快手术。如果是单侧或双侧附件切除术，或子宫加附件切除术，必然会伤害卵巢。而且在术前也会根据患者有无生育的要求，是否在生育年龄期以及患者自己的主观意愿，选择最合适的手术方式。