怀孕三个月肚子疼常见原因的有先兆流产、怀孕合并内外科疾病、妊娠合并妇产科疾病。

一、先兆流产，如果出现肚子一阵一阵的疼痛，并伴有便意感，或者出现了阵发性的小腹痛或者腰背疼，这种情况是宫缩导致的属于流产的先兆，出现这种症状就要住院保胎治疗；二、怀孕合并内科、外科的疾病，如妊娠合并阑尾炎，妊娠合并胃肠炎、胆囊炎以及胃炎、胃溃疡或者其他方面的疾病等，都有可能导致肚子疼；三、妊娠合并妇产科的疾病，如妊娠合并卵巢囊肿的蒂扭转，妊娠合并子宫肌瘤变性或者浆膜下子宫肌瘤蒂扭转等等，也会导致肚子的疼痛。