出现肚子疼、水样便多考虑与肠炎有关，肠炎包括急性肠炎以及慢性肠炎。其中急性肠炎多是由于肠道的急性感染性疾病所导致的，常见的病原菌有细菌、病毒、真菌、寄生虫等。这时应针对不同的病原菌，选择敏感抗生素，进行积极的抗感染治疗，同时还可以服用止泻药物，例如蒙脱石散。此外，还可以加用肠道益生菌，调节肠道菌群治疗。

慢性肠炎多见于炎症性肠病，例如溃疡性结肠炎或者克罗恩病，这时可给予5-氨基水杨酸类制剂，例如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪治疗。病情严重时还可以使用糖皮质激素治疗。除此以外，肠易激综合征时也可以出现腹痛以及水样便，患者通常还伴有腹泻、便秘以及腹泻便秘交替出现，这时可给予调节肠道功能的药物，比较常见的药物有马来酸曲美布丁。