右侧腰部隐痛的原因有：腰背肌筋膜炎、慢性劳损，椎间盘突出，内科及妇科疾病。

首先隐痛疼痛的程度并不算大，类似于钝痛，排除是否有腰背肌筋膜炎、慢性的劳损，一般这样的类型疼痛都不是那么的剧烈，休息后可以缓解。

其次要看患者是不是有偏于右侧压迫的一些椎间盘突出早期表现，主要就是右侧的腰痛、活动略微受限，右侧的肾结石或者肠道的炎症在疾病没有完全爆发，也可以有右侧的这种腰部隐痛，凌晨左右发病。

最后也不排除一些妇科的疾病，往往盆腔的炎症开始表现并不算剧烈，容易被忽视。因此右侧腰部隐痛，休息不能缓解，建议到医院就诊。