形成肛周脓肿的原因主要是肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内引起肛窦和肛腺感染，感染向肛管直肠周围的间隙蔓延、扩散，形成肛周脓肿。

　　直肠内异物，干硬粪便经过直肠肛管时造成损伤，或者外伤感染向深部组织扩散，划伤的肛管直肠粘膜继发感染，继而形成肛周脓肿。

　　肛门镜检查引起损伤，会阴肛周手术感染，肛周毛囊炎等也能引起肛周脓肿。