第一个区别就是二者的概念不同，矮小症是指儿童的身高低于同龄儿童平均身高的两个标准差、或每年生长速度低于五厘米；而侏儒症是指身高低于同一种族标准身高的30%以上、或成年人身高120厘米以下的。

　　第二个区别就是二者的病因不同。矮小症主要由于疾病导致的，特别是内分泌疾病所引发的矮小症占临床矮小症病人的50%以上；而侏儒症主要由于基因遗传的问题，导致生长激素分泌不足。