导致胚胎停育的原因有很多，有环境因素、母体因素以及遗传因素等等，其中母体因素涉及的方面比较多，例如孕妇免疫功能异常，母体对胎儿产生了排斥，从而导致胚胎停育，也有可能是母体的内分泌异常，黄体功能不全导致孕酮分泌不足，造成胚胎发育异常，导致胚胎停育。

　　另外一些妇科疾病例如先天性子宫畸形、子宫肌瘤、子宫内膜异位症等，都可能会导致胚胎停育的发生。

　　另外遗传因素主要是指胚胎染色体异常而导致了胎停育，父母双方有一方存在染色体问题就可能遗传给胎儿，胚胎发育不良从而导致了胎停育。