绝大部分的儿童智力发育迟缓，是由于脑的发育不良造成的。它主要造成的原因，是染色体的遗传性疾病，先天性的遗传代谢性疾病，还有一些是宫内感染，所造成的脑细胞的严重损伤。

　　这一类的疾病，它不太可能得到治疗，也不能自已好。只有一少部分的儿童智力发育迟缓，是由于出生的时候轻度窒息，导致的缺血缺氧性脑病。还有一些是通过筛查发现的甲状腺功能减低，这一类的引起儿童，发育迟缓通过治疗早期干预，会明显的改善。