蹲下起来头疼得厉害可能是生理因素以及枕大神经痛、颈椎病等病理因素导致的，可以采取一般治疗、药物治疗的方法改善。具体分析如下：

　　一、生理因素

　　当蹲下时，可能会导致心脏血流量增加，从而使血压升高，而在起来时，心脏血流量的突然减少可能会导致血压暂时下降，就可能引起头痛。一般是正常的现象，不用进行治疗，注意休息即可。

　　二、病理因素

　　1、枕大神经痛

　　若长期低头工作、劳累、紧张等，可能会引起枕大神经痛，通常在蹲下起来后会出现单侧后脑部位出现阵痛，为刀割样疼痛或者针刺样疼痛。患者可以遵医嘱使用双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊等药物治疗。

　　2、颈椎病

　　当患有颈椎病时，可能会对神经或动脉造成压迫，就可能引起蹲下起来后脑勺一阵一阵疼的症状。患者可以在医生的指导下使用谷维素片、甲钴胺片等药物治疗。

　　除此之外，还可能是贫血、高血压、神经性头痛等引起的，建议患者及时到医院就诊，不可擅自用药，避免出现不良反应。