一般情况下，早上醒来脸颊两侧痛可能是智齿、外伤、面部神经炎等导致的。具体分析如下：

　　1、智齿

　　口腔内智齿生长会引起两侧脸颊的肿胀，疼痛。症状较轻者可口服肿痛安胶囊、甲硝唑片减轻两侧脸颊的疼痛。

　　2、外伤

　　患者摔伤或遭受猛烈撞击之后，就可能会造成两侧脸颊的软组织损伤会引起局部的充血水肿伴有明显的疼痛。患者可通过局部冰敷减轻组织渗出。

　　3、面部神经炎

　　通常是神经受损或炎症引起的神经疼痛，可能会引起脸颊两侧的疼痛。这种情况通常可以到医院选择热敷，或红外线照射或短波透热疗法来改善。

　　除此以外，还可能是面神经瘤、面肌痉挛等导致的。总之，如果患者出现了上述情况，并且疼痛的问题较为强烈，建议患者及时到正规医院选择治疗方式。