目前子宫内膜异位症的发病病因尚不清楚，1921年有学者提出了经血逆流种植学说，目前这个学说成为了主导理论，普遍认为具有一个遗传和免疫易感性的人群，经血逆流，体腔上皮化生或者经淋巴管播散而在子宫腔以外形成子宫内膜组织的病灶。

　　但是这些是多种因素作用的结果，包括某些表观遗传因素导致的遗传易感性，而某些环境因素暴露，可能会促进或诱发导致这个疾病的发生。