新生儿败血症最常见的病原菌，因为不同的地区还有年代而异，国内一直是以葡萄球菌最多见，其次是大肠杆菌等革兰氏阴性杆菌。

　　B族链球菌感染也是明显的成为目前国内的一个常见的致病菌。B族溶血性链球菌和李斯特菌，在欧美国家是最常见的致病菌，在我国现在的也呈逐年上升的几率。

　　除此之外，表皮葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肠杆菌等机会致病菌也可以引起新生儿败血症。