患者的个体差异较大，绝大多数反应较轻。胃肠镜操作，能会引起上腹胀、咽喉部疼痛，时间长了部分患者会出现下颌脱位，可以通过手法复位解决。气道误吸以后还会引起咳嗽症状出现。

　　肠镜检查可能会出现，腹痛、腹胀、肛门处疼痛、有便意感、穿孔、活检部位出血等。息肉出血切除以后，最常见的并发症为切口部位出血、胃肠道穿孔、心血管意外感染等，但是发生率都比较低。