胃肠间质瘤首诊有20%左右的患者，一开始诊断时就出现合并远处转移，即转移性间质瘤。

　　另外有部分患者，是做完根治性手术后两年、五年甚至十年后，出现复发，复发通常见于肝脏多发转移或是腹腔、腹膜部分种植转移。

　　胃肠间质瘤的复发很有特点，很少在腹腔外出现转移，也很少在手术局部发生复发，通常表现为肝转移以及腹腔多发转移，即胃肠间质瘤复发转移，其发生率根据不同肿瘤的恶性危险度，有明显区别。