胃肠道间质瘤是一种从良性到潜在恶性，甚至恶性之间的肿瘤。判断其良性和恶性程度的指标，主要包括肿瘤部位、大小、核分裂象，其中非胃的胃肠道间质瘤，较胃的胃肠道间质瘤恶性程度高，而随着肿物肿瘤的直径增大，核分裂增多，肿瘤的恶性程度也随之增高。

　　据此可将胃肠道间质瘤分为极低危、低危、中危及高危四个复发风险等级。其中极低危的间质瘤，基本不会复发，可认为是良性肿瘤。

　　绝大多数低危的间质瘤，也不会复发，因此具有潜在恶性。

　　而中高危的间质瘤，即使在手术完整切除后，也很容易复发转移，因此是恶性甚至是高度恶性的。