口腔囊肿有两种原因。第一、是先天发育所致，由于胚胎发育时叫联合融合形成。骨和骨之间的接缝处会形成上皮残余，上皮残余之后，残余到骨和骨之间，然后逐渐分泌液体，容易形成口腔囊肿。

　　第二、后天囊肿，牙源性囊肿比较多见，是由于牙齿早期疾病没有治疗之后，形成根尖肉芽肿和根尖囊肿。