一般来说手术方式的不同，恢复的时间也不同，平均的恢复时间差不多认为在4～6周左右。对于那些能够采用LIFT手术等等这种创伤相对小的这种手术，可能恢复的时间可能会相应的缩短。

　　有一部分病人虽然是低位的肛瘘，但是瘘管走行比较复杂，有分支，或者范围比较广泛，可能痊愈的时间就会长一些。对于那些高龄，有一些免疫系统的问题或其它系统疾病，比如说糖尿病的患者等等，营养不良的患者等等，这些患者愈合时间也会稍微长一些。