患者功能性消化不良并没有特效药，主要是靠经验性的吃药治疗。常用的药物包括促进胃肠蠕动的药物，一般适用于腹胀、嗳气等症状，常见的有多潘立酮、莫沙必利等药物，但是莫沙必利疗效要优于多潘立酮。

　　还可以用抑制胃酸的药物，主要是选用H2受体拮抗剂或者是质子泵抑制剂。除了上述药物以外，如果患者的幽门螺旋杆菌呈阳性，还可以服用消炎药进行根除。