一般情况下，肝囊肿的原因是不明确的，可以认为肝囊肿来源于肝内的迷走胆管或者是肝内胆管和淋巴管。在胚胎期发育障碍所致，主要存在这三个方面的机制：

　　1、胚胎发育中期，肝内产生过多的小胆管，有些未与胆管连接，继而形成囊肿。

　　2、胚胎发育早期，肝管生长过多，可能形成囊肿。

　　3、在胚胎发育期异常演变而来的肝管构成肝囊壁，继而形成囊肿。