卵巢的巧克力囊肿，也是子宫内膜异位症，巧克力囊肿的主要治疗方法那就是手术治疗。但是如果巧克力囊肿不是很大，症状不严重的话，暂时是可以观察的，因为这种囊肿手术以后是很容易复发的。

　　巧克力囊肿很可能会引起不怀孕的，所以如果出现不孕症的话，这种情况可以做手术治疗。如果手术以后超过一年仍然没有怀孕，可能就是由于子宫内膜异位症引起的，这种情况最好是做试管婴儿。