目前儿童自闭症的病因能不明了，有关学者对孤独症的病因开展了极为广泛的研究。

　　越来越多证据表明，生物学因素（主要是遗传因素）和胎儿宫内环境因素在孤独症的发病中有重要作用，其他因素包括感染的免疫因素、营养因素，目前认为孤独症是由外部环境因素（感染、宫内或围生期损伤）等作用于具有孤独症遗传易感性的个体所导致的神经系统发育障碍性疾病。