克罗恩病的主要症状有腹痛、腹泻、腹部包块以及瘘管形成等，可伴发热、营养障碍、贫血等全身表现，以及口腔黏膜溃疡、皮肤结节性红斑、关节炎、眼病等肠外表现。这些表现反复发作，迁延不愈。

　　其中腹痛是最常见的临床表现，呈间歇性发作，伴肠鸣与进餐后加重。瘘管形成是克罗恩病的特征性的临床表现。其他少见的症状还有肛门直肠周围病变，如直肠周围瘘管、脓肿、肛裂等病变。