肠镜检查发现主要位于回盲部的肠粘膜炎症、溃疡、炎症、息肉或肠腔狭窄，如活体组织病检能找到干酪性肉芽肿，具有确诊意义。

　　活检组织中找到抗酸染色阳性杆菌，有助诊断。对高度怀疑肠结核的病例，如抗结核治疗数周内，症状明显改善。2~3个月后，肠镜检查病变明显改善或好转，可做出肠结核的临床诊断。