小孩病毒性脑炎，相对来说临床效果是非常好的。病程大概都是2~3周，多数患者能够完全康复，仅有少量的会遗留神经系统后遗症。不良的预后和病变的严重程度、病毒的种类，以及患儿的年龄密切相关。

　　小于两岁的幼儿，相对它的愈后比较差，还有临床病情重，昏迷时间比较长，全脑弥漫性病变者愈后比较差，会遗留惊厥，智力、运动、心理行为、视力或听力残疾。