卵巢早衰的病因，还不是十分清楚，目前认为可能与以下几种因素有关。

　　首先遗传因素，占据卵巢早衰病因的20~25%，包括，染色体异常和基因突变等。一些医源性的因素，包括，手术、放疗以及化疗，可以引起卵巢组织缺损或者局部炎症，卵母细胞凋亡或破坏颗粒细胞功能等，也可以引起卵巢早衰。

　　还有部分患者，是因为自身免疫功能失调，从而导致卵巢功能损伤，比如自身免疫性甲状腺疾病，与卵巢早衰的关系最为密切。其它，如不良生活方式以及嗜好等，也可能会影响卵巢功能，从而导致卵巢早衰。