13价肺炎疫苗总体上是安全有效的，副作用较少、症状轻微。最常见的副作用是注射部位出现疼痛、红肿、硬结。部分患者还可以出现水疱样改变。患者有时可以有低热的症状，上述情况一般均可以自行缓解。

　　少见的不良反应还有头痛、全身乏力、倦怠、局部淋巴结炎，过敏反应可表现为关节肌肉的疼痛、荨麻疹等。