新生儿甲减一般是给予LT4的替代治疗，最好是出生后两周内开始使用LT4的治疗，使血清游离T4维持在正常值高限水平。出生后三周以内甲状腺功能恢复正常，病人的神经发育可以在10~30个月内达到正常状态。

　　新生儿甲减非常容易发展成呆小症，因此越早诊断、越早治疗效果越好，如果治疗不当，可能会遗留永久性的智力低下、聋哑或者是躯体畸形。