沙眼衣原体主要感染部位为人体的眼部、生殖道以及呼吸道。

　　根据其侵袭力和引起疾病的部位，可分为沙眼生物型、生殖生物型和性病淋巴肉芽肿生物型三种类型。

　　沙眼衣原体检测可用于诊断沙眼、包涵体性结膜炎、非淋球菌性尿道炎等等，还可以用于诊断婴幼儿肺炎的ct感染。