抗甲状腺药物主要有米唑类，代表药物有甲巯米唑，和硫脲类，代表药物有丙硫氧嘧啶。甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶都有可能会出现一些副作用，有可能引起粒细胞减少，严重的时候还可能会粒细胞缺乏。相对来说甲巯米唑引起这个副作用要大于丙硫氧嘧啶。

　　还有可能会引起药疹，严重的时候可能还会出现剥脱性皮炎，因此治疗中要特别注意。再有可能会引起肝功能受损，丙硫氧嘧啶引起的肝功能受损多是坏死性肝炎，而甲巯米唑引起的肝功能受损，主要是胆汁淤积性肝炎。