目前对原发性三叉神经痛病因及发病机制的认识上不一致，主要由以下几种学说。

　　一、神经变性学说，认为原发性三叉神经痛是由神经变性引起的，因为取病变的三叉神经活检发现有脱髓鞘及髓鞘增厚，轴索蛇形等改变。

　　此外，在有症状的多发性硬化患者中，发现三叉神经后根处有脱髓鞘，因此认为原发性三叉神经痛是有神经病变导致。

　　第二种学说是微血管压迫学说，颅内的小动脉压迫了三叉神经，引起疼痛。

　　第三类学说，认为三叉神经的病因是一种癫痫样发作。

　　第四种病因认为是病灶感染及牙源性感染导致三叉神经痛。